Początki działalności Zakładu datują się na rok 1953, kiedy w utworzonej wówczas Katedrze Teorii i Metodyki Wychowania Fizycznego powołano m.in. Zakład Pedagogiki i Metodyki Wychowania Fizycznego. Po kolejnej reorganizacji (1959r.) Zakład funkcjonował w strukturze Katedry Teorii, Metodyki i Dydaktyki WF. W ciągu następnych lat, przeobrażenia w strukturze Uczelni, pociągały za sobą następne zmiany. Od 1968r. Zakład Pedagogiki włączony został do Katedry Teorii i Metodyki Wychowania Fizycznego. Po utworzeniu Wydziału Wychowania Fizycznego (1977r.) powołany został Instytut Nauk Społecznych w którym znalazł się również Zakład Pedagogiki. Od 1985r. stanowił część Katedry Pedagogiki i Psychologii, aż do powołania w 1991r. Katedry Pedagogiki (z Zakładem Pedagogiki i Zakładem Wychowania Zdrowotnego). Po kolejnej restrukturyzacji Wydziału Wychowania Fizycznego, od 1999r. Zakład Pedagogiki funkcjonuje w obrębie Instytutu Nauk Społecznych.
W ciągu kilkudziesięciu lat, historię Zakładu tworzyli wybitni pedagodzy, z zaangażowaniem oddający się pracy dydaktycznej i zawodowej, począwszy od prof. Henryka Smarzyńskiego (wtedy doktora), prof.zw,dr.hab.Andrzeja Szyszko-Bohusza – kierownika Zakładu, wybitnego uczonego, członka Komitetu Badań Pedagogicznych PAN znawcy teorii wychowania, twórcy pedagogiki holistycznej i teorii nieśmiertelności genetycznej, odnoszącego znaczące sukcesy również w grze w szachy (w 2002 r. Polski Związek Szachowy nadał mu tytuł Honorowego Mistrza PZSzach). W latach 2005-2012 Kierownikiem Zakładu Pedagogiki był prof.dr hab. Andrzej Michał de Tchorzewski, wybitny naukowiec (specjalista w zakresie teorii wychowania, pedagogiki rodziny, problematyki etyczno-deontologicznej zawodu nauczycielskiego), były wieloletni rektor Akademii Pedagogicznej im. Kazimierza Wielkiego w Bydgoszczy. Po zmianach kadrowych w 20012r., w skład zespołu tworzącego Zakład Pedagogiki weszli: dr hab. Marian Bukowiec dr hab., wieloletni wykładowca w Zakładzie Teorii i Metodyki Wychowania Fizycznego, były rektor AWF w Krakowie oraz dr hab.Halina Zdebska prof.nadzw. (wcześniej w Katedrze Teorii i Metodyki Gier Sportowych i Rekreacyjnych).
W realizacji procesu dydaktycznego i badań naukowych stanowiących wieloletni dorobek Zakładu uczestniczyła grupa zaangażowanych nauczycieli akademickich (głównie adiunktów, starszych wykładowców), a wśród nich (w porządku chronologicznym); mgr L.Michalus, dr hab. Wacław Srokosz, dr D.Cieślik, dr W.Kulesza, dr A.Bohusz-Dobosz, dr M.Feiner, dr W.Kogut, dr J.Czechowski, dr A.Kiluk.
Od roku akademickiego 2014/2015 Zakład Pedagogiki tworzą: dr hab.Halina Zdebska-Biziewska prof.nadzw.(kierownik), dr hab.Marian Bukowiec prof.nadzw., dr A.Kiluk, dr E.Czyżewska, dr M.Brodzikowska.